Уредно наредени во шатл-количката, затворените контејнери со искористени инструменти, со возило се носат од хируршките одделенија до единицата за стерилизација. Откако ќе пристигнат во единицата за стерилизација, инструментите, металните кошници и контејнерите во кои се спакувани, минуваат низ низа процеси пред повторно да дојдат во операционите сали.
Податоците од пратечката документацијата се внесуваат во системот за водење евиденција.
Контејнерите со инструменти се пренесуваат во Црвената соба, се отвораат, се мијат и дезинфицираат засебно од хируршките инструменти. Потоа, преминуваат во чиста зона преку “pass box” зоната. Сите инструменти во кошниците најпрво се бројат, за да се провери дали нешто недостасува. Секој инструмент рачно се мие и со четка се чисти од можни остатоци од операцијата. Инструментите се враќаат во кошниците за да се вчита информацијата за видот и точниот број на инструменти во секоја кошница. Секоја кошница има бар-код, поврзан со другите кошници и контејнери. Кошниците со инструменти се редат на полицата која се поставува во специјална машина за автоматско миење и дезинфекција.
Се одвива процес за автоматско миење и сушење во машината, со двострана врата за употреба. Кога ќе заврши процесот, кошниците со инструменти се вадат од друга страна, во просторија физички одделена од Црвената соба. Во зависност од циклусот, овој процес трае околу еден час.
Полиците со кошници се изнесуваат од машината во Сината соба. Операторот под лупа ги проверува инструментите еден по еден. Се проверува и функционалноста на секој инструмент. По потреба, се врши нивно специфично подмачкување. По деталната проверка, инструментите се ставаат во кошница, се пребројуваат и се врши споредба со заведеното во системот за контрола. Контејнерите се поставуваат на полица која се става во машина за стерилизација со помош на пареа.
Во оваа машина со двострани врати за употреба, се врши стерилизација на комплетите на 121 или 134 степени Целзиусови. Скратувањето на циклусот НЕ е дозволено според меѓународните стандарди! Секој контејнер има индикатор, кој при отворање, па сè до автоклавирањето е во црвена боја. Откако контејнерот ќе ја помине процедурата за автоклавирање и ќе биде запечатен, бојата на индикаторот се менува во зелена.
По завршување на овој процес, операторот проверува дали циклусот поминал успешно. Индикаторот на контејнерите треба да биде во зелена боја. Потоа, се мерат контејнерите и на овој начин, според тежината пред и по стерилизацијата, се проверува дали останала влага во самиот контејнер. По двете контроли, сетот е подготвен за испорака заедно со пратечката документација.
Во излезната зона, преку двостран шалтер, се преземаат стерилните контејнери од Зелената соба и се редат во шатл-количката, која е целосно физички затворена.
Шатл-количките се транспортираат од единицата за стерилизација до хируршките одделенија. Забрането е мешање на чисти и нечисти шатл-колички во истото возило!